用于水平扫描的技术

共焦显微镜有四种类型：

共焦激光扫描显微镜使用多个反射镜（通常沿x轴和y轴线性扫描2或3个镜面）在样品上扫描激光，并在固定的针孔和检测器上“扫描”图像。

旋转圆盘（Nipkow圆盘）共聚焦显微镜使用圆盘上的一系列移动针孔来扫描光斑。由于一系列针孔平行扫描一个区域，因此与激光扫描显微镜相比，允许每个针孔悬停在特定区域上更长的时间，从而减少了照明样品所需的激发能。激发能的降低降低了样品的光毒性和光漂白，通常使其成为对活细胞或生物成像的首选系统。

微透镜增强或双旋转盘共聚焦显微镜的工作原理与旋转盘共聚焦显微镜相同，只是在包含针孔的旋转盘之前放置了第二个包含微透镜的旋转盘。每个针孔都有一个相关的微透镜。微透镜的作用是捕获较宽的光带并将其聚焦到每个针孔中，从而显着增加引导到每个针孔中的光量并减少旋转盘所阻挡的光量。因此，微透镜增强的共聚焦显微镜比标准的旋转盘系统具有更高的灵敏度。横河电机于1992年发明了这项技术。

可编程阵列显微镜（PAM）使用电控空间光调制器（SLM），该调制器会产生一组移动的针孔。SLM是一种包含像素阵列的设备，该像素阵列具有可以通过电子方式调整的单个像素的某些属性（不透明度，反射率或旋光度）。SLM包含微机电镜或液晶组件。该图像通常是通过电荷耦合器件（CCD）相机获取的。

这些共聚焦显微镜中的每一种都有特定的优点和缺点。大多数系统针对录制速度（即视频捕获）或高空间分辨率进行了优化。共焦激光扫描显微镜可以具有可编程的采样密度和非常高的分辨率，而Nipkow和PAM使用由相机分辨率定义的固定采样密度。单点激光扫描系统的成像帧速率通常比旋转磁盘或PAM系统慢。商业旋转盘共聚焦显微镜可实现每秒50帧以上的帧率–这是动态观察（例如活细胞成像）的理想功能。

实际上，只要针孔足够远，Nipkow和PAM允许多个针孔并行扫描同一区域。

通过使用多个微机电扫描镜，共聚焦激光扫描显微镜的前沿发展现在可以提供比标准视频速率（每秒60帧）更好的成像效果。

共焦X射线荧光成像是一种较新的技术，例如，在分析绘画中的掩埋层时，除了水平和垂直瞄准以外，还可以控制深度。